Il motore Yamaha attuale non è quindi un vero big bang, ma gli scoppi avvengono con una sequenza irregolare: dopo il primo scoppio che avviene nel primo cilindro l’albero motore fa 3/4 di giro (270°), avviene il secondo scoppio nel terzo cilindro e si ha una rotazione dell’albero di mezzo giro (180°), si ha il terzo scoppio nel secondo cilindro e l’albero ruota di ancora di 1/4 di giro (90°), il quarto ed ultimo scoppio si verifica nel quarto cilindro e fa compiere una rotazione di un altro mezzo giro (180°) all’albero motore riportando il pistone del primo cilindro al punto morto superiore e dando inizio ad un nuovo ciclo. Questo ha comportato la realizzazione di un albero motore con i perni di manovella distanziati tra di loro di 90°, più robusto e pesante e con masse volaniche più pesanti. Il sound del propulsore è del tutto anonimo, per le tonalità cupe, ma la soddisfazione di possedere la R1 con il motore a scoppi irregolari non è certo nel farsi notare per il rumore di scarico, quanto invece per le soddisfazioni che regala alla guida.